Ý tưởng định vị trí Dự án Y cùng với Phòng Thí nghiệm Luyện kim ở Chicago, hoặc tại Clinton Engineer Works ở Oak Ridge, Tennessee, đã được xem xét, nhưng cuối cùng quyết định rằng một địa điểm hẻo lánh sẽ là tốt nhất.[42] Một địa điểm gần Los Angeles đã bị từ chối vì lý do an ninh, và một địa điểm khác gần Reno, Nevada là quá khó tiếp cận. Theo đề nghị của Oppenheimer, việc tìm kiếm đã thu hẹp lại gần Albuquerque, New Mexico, nơi Oppenheimer sở hữu một trang trại ở dãy Sangre de Cristo.[43] Khí hậu ôn hòa, có đường hàng không và đường sắt đến Albuquerque, nó đã cách xa Tây Duyên hải Hoa Kỳ, do đó về một cuộc tấn công của Nhật Bản không phải là vấn đề, và mật độ dân số thấp.[42]

Tháng 10 năm 1942, Thiếu tá John H. Dudley thuộc Khu kỹ sư Manhattan (thành phần quân sự của dự án Manhattan) khảo sát các địa điểm quanh Gallup, Las Vegas, La Ventana, Jemez Springs và Otowi,[44] và đề nghị một khu vực gần Jemez Springs.[42] Vào ngày 16 tháng 11, Oppenheimer, Groves, Dudley và những người khác đi khảo sát địa điểm này. Oppenheimer lo ngại rằng các vách đá cao xung quanh khu vực này sẽ làm cho moị người cảm thấy sợ hãi, trong khi các kỹ sư lo ngại về khả năng bị ngập lụt. Sau đó, họ chuyển đến Otowi, khu vực lân cận của Trường Los Alamos Ranch. Oppenheimer đã rất ấn tượng và bày tỏ sự ưa thích về khu vực thi công, kể về vẻ đẹp tự nhiên của nó và góc nhìn ra dãy núi Sangre de Cristo, nơi mà ông hy vọng sẽ truyền cảm hứng cho những người sẽ làm việc cho dự án.[45][46] Các kỹ sư lo ngại về con đường tiếp cận khó khăn, và liệu nguồn cung cấp nước có đầy đủ, nhưng mặt khác cảm thấy đó là một lý tưởng.[47]

Cấp dưới Bộ trưởng Chiến tranh Hoa Kỳ, Robert P. Patterson, đã phê chuẩn việc mua lại khu vực này vào ngày 25 tháng 11 năm 1942, cho phép mua 440.000 đô la cho diện tích 54.000 mẫu Anh (22.000 ha), tất cả ngoại trừ 8.900 mẫu Anh (3.600 ha) trong đó đã thuộc sở hữu của Chính phủ Liên bang.[48] Bộ trưởng Nông nghiệp Hoa Kỳ Claude R. Wickard đã cho phép sử dụng 45.100 mẫu Anh (18.300 ha) đất của Cục Kiểm lâm Hoa Kỳ cho Bộ Chiến tranh Hoa Kỳ "cho đến khi nào sự cần thiết quân sự vẫn tiếp tục".[49] Nhu cầu đất cho một con đường mới, và sau đó là đường dành cho đường dây điện dài 25 dặm (40 km), cuối cùng đã mua đất trong thời chiến với 45.737 mẫu Anh (18.509,1 ha), nhưng chỉ cuối cùng chỉ chi hết 414.971 đô la.[48] Khu vực lớn là trường học với giá 350.000 đô la, và Anchor Ranch với giá 25.000 đô la.[50] Cả hai luật sư thuê đàm phán các thỏa thuận với chính phủ, nhưng người nội trú gốc Tây Ban Nha chỉ được trả 7 đô la một mẫu Anh.[51] Giấy phép chăn thả đã được thu hồi, và đất cá nhân đã được mua hoặc bị tịch thu sử dụng quyền hạn của Đạo luật Chiến tranh lần thứ hai.[52] Các kiến nghị tịch thu được cho là bao gồm tất cả các khoáng sản, nước, gỗ và các quyền khác, vì vậy các cá nhân sẽ không có lý do gì để vào khu vực.[53] Khu vực này có hình dạng bất thường do tiếp giáp với Đài tưởng niệm Quốc gia Bandelier và một khu vực thiêng liêng của người Mỹ bản xứ.[52]